El acontecimiento más importante de la reciente historia de la Corporación ha sido la Coronación Canónica de la Sagrada Imagen de la Pura y Limpia Concepción que tuvo lugar el 8 de diciembre del año 2000. Este solemne acto tuvo lugar en la Santa Iglesia Catedral el transcurso del solemne pontifical oficiado por el Sr. Arzobispo de Sevilla, Su Eminencia Reverendísima Fary Carlos Amigo Vallejo, quien coronó la Imagen. Actuaron de padrinos del ceremonial las Rvdas. Madres Agustinas Concepcionistas del Monasterio de la Encarnación, representadas al no poder abandonar la clausura por doña María de los Ángeles Soler Sánchez, madre de una religiosa, y la Real Maestranza de Caballería de Sevilla, representada por el Ilmo. Sr. D. Alfonso Guajardo-Fajardo y siendo Hermano Mayor de la Corporación Don Juan Castro Nocera. En este año se celebra ante la presencia de la Virgen coronada la octava de seises, finalizada se traslada la Imagen en solemne procesión en andas cedidas por la Hermandad de Santa Genoveva del Tiro de Línea.
El 5 de diciembre de 2001 el Excmo. Sr. Alcalde Don Alfredo Sánchez Monteseirín le impuso a la Santísima Virgen una réplica de la Medalla de Ciudad en el transcurso de un emotivo acto celebrado en el Monasterio de la Encarnación.
En la Función Principal de Instituto celebrada el 7 de diciembre de 2001 en la Capilla Real de la S.I.C. se hace efectivo el nombramiento que meses antes había otorgado el Cabildo General de Hermanos de don Juan Castro Nocera, como Hermano Mayor Honorario y a la Real Maestranza de Caballería como Hermana de Honor.
En el año 2003 se remoza completamente la Capilla recuperando el funcionamiento de su campana, además de inaugurarse una iluminación artística financiada por la Fundación Sevillana Endesa, se colocan así mismo unas lápidas conmemorativas de la oración del Papa ante la Imagen en la Statio Orbis de 1993 y el nombramiento de la Real Maestranza de Caballería como Hermana de Honor.
En esta primera década del nuevo milenio la Hermandad asienta definitivamente los cultos anuales: manteniendo la celebración de la Novena y Función el 6 de diciembre, y antes de la Salve de la víspera y el Besamanos el 8 de Diciembre, se recupera la Salida Procesional de la imagen Titular, en nuevo paso que se encarga a tal efecto, bajo el mandato de Pedro Ordóñez Perlacia.
En este periodo se adecúan también las reglas de la Hermandad a las nuevas normas diocesanas, destacando en ellas la limitación temporal de los cargos Oficiales, agilizándose el relevo en los mismos, sucediéndose en el cargo de Hermano Mayor los nombres de Antonio Bustos Rodríguez y Manuel Cano-Romero Moreno.
Bajo el mandato de este último la Hermandad da un nuevo paso en el asentamiento de la vida de hermandad y su actividad, consiguiéndose en 2015 el arrendamiento de un local en el mismo barrio del Arenal para uso de la misma de forma permanente, con funciones de almacén y de Casa de Hermandad.
